Ең күрделі құрылым. Үшінші реттік құрылым екі пішінді болады. Глобулярлы жəне фибриллярлы. Үшінші реттік қүрылым түзілуі кезінде амин қышқылдарының гидрофобты радикалдары ақуыз молекуласының ішіне қарай жымырылып, ал гидрофильді радикалдары сыртқы бетіне орналасады. Үшінші реттік құрылым түзу кезінде ақуыз молекуласы оралып шиыршықталып, жинақталады.